Itäisen syöpäkeskuksen toimintaa johtaa johtoryhmä, jossa on edustettuna kaikki sopijapuolet. Johtoryhmä vastaa Itäisen syöpäkeskuksen strategisista linjauksista, huolehtii, että kunkin sopijapuolen yksiköt sitoutuvat toimintaan sekä valvoo päätösten ja velvoitteiden toteutumista.  Johtoryhmän puheenjohtajana toimii Outi Kuittinen (UEF) ja varapuheenjohtajana Heikki Miettinen (HYVAKS). 

Itäisen syöpäkeskuksen johtoryhmä

Pohjois-Savon hyvinvointialue: 

• Antti Hedman (varajäsen Sami Remes) 
• Päivi Auvinen (varajäsen Jan Seppälä)

Keski-Suomen hyvinvointialue: 

• Kaija Vasala, varapuheenjohtaja (varajäsen Jan Böhm) 
• Heikki Hakkarainen (varajäsen Kyösti Tahkola) 

Itä-Suomen yliopisto: 

• Ville Leinonen (varajäsen Anna-Liisa Levonen-Harju) 
• Outi Kuittinen, puheenjohtaja (varajäsen Merja Heinäniemi) 

Siun Sote: 

• Liisa Sailas (varajäsen Jukka Heikkinen) 

Etelä-Savon hyvinvointialue: 

• Jaana Luukkonen (varajäsen Kimmo Kuosmanen)